Mestrado em Fisioterapia foi concebido e planificado de acordo com os princípios proclamados na declaração de Bolonha daí extraindo os conceitos de aprendizagem centrada no estudante e o sistema European Credit Transfer System para avaliar o esforço realizado pelo mesmo nesse processo de aprendizagem. Ele assenta no conhecimento aprofundado de importantes domínios da Fisioterapia, e de outras áreas de conhecimento que suportam a sua prática tais como as ciências funcionais, ciências morfológicas, biomecânica, psicologia, bioestatística e farmácia. Na sua estrutura, o curso terá no 1º ano duas unidades curriculares comuns às diferentes áreas de especialização deste ciclo de estudos. No final destas os estudantes serão distribuídos pelas diferentes áreas de especialização. O 2º ano será constituído pelas UCs de Investigação e de Dissertação|Estágio com relatório final. É importante referir que o grau de Mestre em Fisioterapia é conferido na área de especialização correspondente.